سال ۱۰۱۲ هجری قمری (۶۳۲ هجری خورشیدی) بود که کلنگ کاروانسرای مرنجاب در کویر مرنجاب زده شد. شاه عباس در راستای سلسله کاروانسراسازی‌هایی که در مسیرهای اصلی و پر رفت و آمد می‌ساخت، دستور ساخت کاروانسرای مرنجاب را بر روی تپه‌ای، کنار چشمه و قنات آب شیرین و جنوب دریاچه‌ی نمک صادر کرد. بنابراین آقاخضر نهاوندی، که در آن زمان حاکم کاشان بود، همت کرد و کاروانسرای آجری مرنجاب را برپا کرد. کاروانسرا هم نقش استراحتگاه را داشت و هم نقش پاسداری از راه پر رفت و آمدی که اصفهان پایتخت را به مشهد مقدس وصل می‌کرد.
